生物信息学实践

课程编码：4800950710J3P2001 英文名称：The Practice of Bioinformatics 课时：40 学分：2.00 课程属性：专业核心课 主讲教师：范广益

本课程是为没有生物信息学背景，特别是没有生物信息学分析经验的生物学科、化学学科硕士或博士开设的高通量转录组测序、单细胞转录测序、高通量表观转录组等测序技术及数据分析方法的研讨课。随着下一代测序技术的蓬勃发展，生物信息学的分析现已成为生物学科的必备技能。为培养学生熟练掌握不同测序技术的分析方法，本课程将通过课题讨论、随堂练习和课后作业的方式，使学生熟练掌握不同测序技术的分析方法，为从事生物学科的相关研究提供良好的基础。本课题着重培养学生实际操作生物信息学不同软件的能力，并培养与发展他们学会积极解决生物信息学相关问题的实践能力。

生物化学

第一章 导论一： 介绍生物信息学分析现状、常用软件环境及安装 4.0学时 范广益
第1节 生物信息学分析现状
第2节 常用语言环境及安装
第二章 导论二：学习使用shell的简单命令登录和在计算集群上运行脚本 4.0学时 范广益
第1节 使用shell的简单命令登录
第2节 使用shell在计算集群上运行脚本
第三章 bulk RNA-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4.0学时 范广益
第1节 bulk RNA-seq的技术原理
第2节 bulk RNA-seq的分析流程和数据质量控制
第四章 bulk RNA-seq的数据初步处理和下游可视化 4.0学时 范广益
第1节 bulk RNA-seq的数据初步处理
第2节 bulk RNA-seq的下游可视化
第五章 single-cell RNA-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4.0学时 范广益
第1节 single-cell RNA-seq的技术原理
第2节 single-cell RNA-seq的分析流程和数据质量控制
第六章 single-cell RNA-seq的数据初步处理和下游可视化 4.0学时 范广益
第1节 single-cell RNA-seq的数据初步处理
第2节 single-cell RNA-seq的下游可视化
第七章 ATAC-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4.0学时 范广益
第1节 ATAC-seq的技术原理
第2节 ATAC-seq的分析流程和数据质量控制
第八章 ATAC-seq的数据初步处理和下游可视化 4.0学时 范广益
第1节 ATAC-seq的数据初步处理
第2节 ATAC-seq的下游可视化
第九章 ChIP-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4.0学时 范广益
第1节 ChIP-seq的技术原理
第2节 ChIP-seq的分析流程和数据质量控制
第十章 ChIP-seq的数据初步处理和下游可视化 4.0学时 范广益
第1节 ChIP-seq的数据初步处理
第2节 ChIP-seq的下游可视化

范广益，博士，致力于在比较基因组学和生物信息学领域持续深耕，主攻分子和细胞层面的跨物种比较分析工具的开发。