系统与进化生物学方法实践

课程编码：180085071001M5002H 英文名称：Methods and Practice of Evolutionary Biology 课时：30 学分：1.00 课程属性：实验课 主讲教师：曾庆银等

本课程主要介绍系统与进化生物学的研究方法，并熟悉各种方法的操作技能。通过本课程的学习，应准确理解系统与进化生物学的各种基础研究方法，熟悉多种生物信息学数据库，熟练掌握谱系生物地理学分析和系统进化树构建的基本方法，掌握基因组学数据基础分析方法，并能综合利用这些方法进行进化生物学研究。

系统与进化生物学

第一章 多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践 6学时 曾庆银
第1节 NCBI数据库的操作实践
第2节 PFAM数据库的操作实践
第3节 利用ExPASy分析蛋白质的基本性质
第4节 比较基因组学数据库PLAZA与Phytozome的操作实践
第5节 基因表达数据库的操作实践
第6节 多种数据库联合运用的实践操作
第二章 系统进化树的构建及方法比较 3学时 杨福生
第1节 建树数据的类型及常用系统树构建的方法及其软件
第2节 邻接树、简约树、似然树、贝叶斯树构建的实践操作
第3节 各种建树方法的比较
第三章 群体遗传学基本参数的计算 3学时 杨福生
第1节 群体遗传学常用参数的意义
第2节 等位基因多样性（Hd）及核苷酸多态性（θ和π）计算
第3节 中性检测 (Tajima’s D，Fu and Li’s D* and F*)
第四章 谱系生物地理学分析方法与实践 3学时 杨福生
第1节 核酸序列变异及多样性
第2节 单倍型谱系分析
第3节 群体遗传结构分析
第五章 基因组学数据分析方法与实践 9学时 张富民
第1节 二代测序数据的格式、特点和预处理
第2节 基因组二代测序数据的分析流程
第3节 比对参考基因组
第4节 检测变异位点
第5节 校正检测结果
第6节 转录组二代测序数据的分析流程
第7节 比对参考基因组
第8节 检测基因表达水平
第9节 基因差异表达分析
第六章 蛋白质三维结构模拟 3学时 曾庆银
第1节 PDB数据库介绍及操作实践
第2节 基于SWISS-MODEL Repository的蛋白质三维结构模拟
第3节 基于InsightII生物分子模拟软件平台的蛋白质三维结构模拟
第七章 方法的综合运用 3学时 曾庆银
第1节 综合利用多种方法进行进化生物学研究实例操作

曾庆银，男，博士，研究员。现任林木遗传育种全国重点实验室主任。1998年本科毕业于吉林大学，2006年在瑞典UMEA大学获分子生物学博士学位，2006至2017年先后任中科院植物所研究员、基因组和蛋白质功能进化研究组组长，2017年至今任中国林科院研究员。2014年获国家杰出青年科学基金，2015年入选中国科学院特聘研究员，2018年入选科技部“中青年科技创新领军人才”、2019年入选中组部“万人计划”科技创新领军人才，2016年获中国科学院“优秀研究生指导教师”奖。主要从事林木比较功能基因组学与分子育种研究，在Plant Cell、Molecular Biology and Evolution、Plant Physiology等国内外专业刊物上发表学术论文四十余篇。已培养博士10名，其中3位获中国科学院院长优秀奖，1位获中国科学院优秀博士学位论文。