生物信息学实践

课程编码：2802160710J3P2001 英文名称：The Practice of Bioinformatics 课时：40 学分：2.00 课程属性：专业核心课 主讲教师：陈洛南等

本课程是为没有生物信息学背景，特别是没有生物信息学分析经验的生物学科、化学学科硕士或博士开设的高通量转录组测序、单细胞转录测序、高通量表观转录组等测序技术及数据分析方法的研讨课。随着下一代测序技术的蓬勃发展，生物信息学的分析现已成为生物学科的必备技能。为培养学生熟练掌握不同测序技术的分析方法，本课程将通过课题讨论、随堂练习和课后作业的方式，使学生熟练掌握不同测序技术的分析方法，为从事生物学科的相关研究提供良好的基础。本课题着重培养学生实际操作生物信息学不同软件的能力，并培养与发展他们学会积极解决生物信息学相关问题的实践能力。

生物化学

第一章 导论一： 介绍生物信息学分析现状、常用软件环境及安装 4学时 赵方庆
第1节 生物信息学分析现状
第2节 常用语言环境及安装
第二章 导论二：学习使用shell的简单命令登录和在计算集群上运行脚本 4学时 赵方庆
第1节 使用shell的简单命令登录
第2节 使用shell在计算集群上运行脚本
第三章 bulk RNA-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4学时 赵方庆
第1节 bulk RNA-seq的技术原理
第2节 bulk RNA-seq的分析流程和数据质量控制
第四章 bulk RNA-seq的数据初步处理和下游可视化 4学时 赵方庆
第1节 bulk RNA-seq的数据初步处理
第2节 bulk RNA-seq的下游可视化
第五章 single-cell RNA-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4学时 赵方庆
第1节 single-cell RNA-seq的技术原理
第2节 single-cell RNA-seq的分析流程和数据质量控制
第六章 single-cell RNA-seq的数据初步处理和下游可视化 4学时 陈洛南
第1节 single-cell RNA-seq的数据初步处理
第2节 single-cell RNA-seq的下游可视化
第七章 ATAC-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4学时 陈洛南
第1节 ATAC-seq的技术原理
第2节 ATAC-seq的分析流程和数据质量控制
第八章 ATAC-seq的数据初步处理和下游可视化 4学时 陈洛南
第1节 ATAC-seq的数据初步处理
第2节 ATAC-seq的下游可视化
第九章 ChIP-seq的技术原理、分析流程和数据质量控制 4学时 陈洛南
第1节 ChIP-seq的技术原理
第2节 ChIP-seq的分析流程和数据质量控制
第十章 ChIP-seq的数据初步处理和下游可视化 4学时 陈洛南
第1节 ChIP-seq的数据初步处理
第2节 ChIP-seq的下游可视化

陈洛南1984年获华中科技大学电气工程学士学位；1988年获日本东北大学系统科学硕士学位；1991年获日本东北大学系统科学博士学位。1997年起任日本大阪产业大学副教授；2000年起任美国加州大学洛杉矶分校(UCLA)访问教授；2002年起任日本大阪产业大学教授；2007年上海大学系统生物技术研究所所长（兼）；2009年4月起任日本东京大学（兼）研究教授；2009年10月起任中科院系统生物学重点实验室执行主任，研究员，博士生导师，研究组组长。赵方庆，博士，研究员。中科院“百人计划”入选者。2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其应用专业学士学位。2006年在中国科学院海洋研究所获博士学位，研究方向为海洋微藻的进化基因组学。在此期间获得了中国科学院院长特别奖（2006），中国科学院优秀博士论文（2007），国家海洋科学技术奖一等奖（2012）。2006年7月至2010年底在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心，从事计算生物学和基因组学的研究工作。2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计划”研究员，主要研究方向是计算基因组学。现为中国科学院北京生命科学研究院科研部副主任、计算生物学联合研究中心秘书长、中国生物工程学会计算生物学专业委员会副主任委员、副秘书长。生物信息学国际刊物《Briefings in Bioinformatics》、《Hereditas》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》编委。2012年获得中国科学院“科技创新交叉与合作团队”计划的资助，成立了“计算基因组学”交叉合作团队。承担国家自然科学基金3项，中科院知识创新工程资助课题1项和中科院院长特别奖基金1项。目前，以第一作者或通讯作者身份在生物信息学和基因组学领域国际刊物发表学术论文40余篇。王勇，博士，研究员。研究方向：运筹学与系统生物学的交叉研究。