基因组学分析技术与原理

课程编码：1800850710Z1P3002H 英文名称：The Principle and Analysis Methodology of Genomics 课时：40 学分：2.00 课程属性：专业课 主讲教师：胡松年等

本课程为生物学、医学等学科研究生的专业课，也可作为计算机、数学、物理等学科研究生的选修课。本课程从基因组学技术的发展历程着手，回顾利用第一代测序技术完成的人类基因组测序计划，重点介绍第二代测序技术的基本原理及其在基因组学、转录组学和表观遗传学研究领域的主要应用，并展望测序技术的新发展。通过本学科的学习使学生对基因组学技术有一个全面认识，系统掌握基础理论知识和相应的数据分析流程要点，为以后独立从事科学研究工作、利用基因组学技术打下坚实基础。

分子生物学，生物化学

第一章 前言 3学时 胡松年
第1节 前言-基因组学技术的发展
第二章 第一代 3学时 胡松年
第1节 第一代测序技术的原理及应用
第三章 第二代 6学时 胡松年
第1节 第二代测序技术原理
第四章 第二代测序技术的应用
第1节 基因组测序与重测序 6学时 胡松年
第2节 mRNA与lncRNA的转录组学分析 3学时 方向东
第3节 小RNA分析 3学时 胡松年
第4节 表观遗传学原理、技术与应用 6学时 方向东
第五章 DNA测序技术展望 3学时 胡松年
第1节 DNA测序技术展望
第六章 其它基因组学常用技术及原理 3学时 胡松年
第1节 其它基因组学常用技术及原理
第七章 课堂考试 4学时 胡松年
第1节 考试

胡松年，中国科学院微生物研究所微生物资源前期开发国家重点实验室研究员，博士生导师。曾获中国科学院朱李月华优秀教师奖，浙江省科学技术一等奖，中国科学院优秀教师奖，河北省科学技术进步三等奖，中国科学院杰出科技成就集体奖，香港求是科技基金求是杰出科技成就集体奖。享受国务院政府津贴。曾担任国际人类基因组计划中国1%项目总工程师；中科院遗传所人类基因组中心暨北京华大基因研究中心总工程师；杭州华大基因研发中心主任；浙江大学沃森基因组科学研究院教授，博士生导师；中国科学院北京基因组研究所研究员，博士生导师；中国科学院基因组科学与信息重点实验室主任。中国遗传学会基因组学专业委员会副主任委员；中国康复技术转化与发展促进会精准医学与肿瘤康复副主任委员；“高血压精准防治十万人列队项目”首席基因组专家；中科院大学生命科学学院教学督导委员会委员。2007年至今担任《遗传》,《BMC Research Notes》,《Frontiers in Plant Genetics and Genomics》,《Nature Reviews Genetics (Chinese Edition)》编委；《Genomics,Proteomics & Bioinformatics》执行副主编。

方向东，中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）研究员。课题组主要利用基于高通量测序平台的转录组、全外显子组、甲基化DNA作图、DNase I作图、ChIP、3C等多组学技术，以干细胞和血液病、恶性肿瘤为主要研究对象，在DNA、RNA、蛋白质以及染色质等不同调控层次上筛选与细胞发育和分化、以及肿瘤发生和转移等相关的关键分子标记、信号通路、调控单元和调控网络，并探讨其分子机制，为临床制定更加高效、特异的分子干预策略、并开展其规范化研究提供理论基础和实验依据。针对多源、异构组学大数据，建立针对基因组等多组学数据的整合、分析、注释的技术标准和可视化工作流规范。开发组学数据和临床信息关联的分析工具和疾病诊断、预测的计算模型，构建搜索引擎和跨库检索系统，实现精准医学大数据管理、搜索、分析与展示。最终建立完整规范的组学数据和临床信息的整合、管理与分析技术体系。
Genomics Proteomics Bioinformatics 副主编。