计算系统发生学
课程编码：180083070903P6001H
英文名称：Computational Phylogenetics
课时：30
学分：1.00
课程属性：实践课
主讲教师：张驰
教学目的要求
通过讲授系统发生分析中基础和前沿的理论和方法，包括树相关的概念，简约法、最大似然法、贝叶斯法等建树方法，并应用常用建树软件进行实际数据分析，使学生能系统掌握该领域的重要理论，并能应用到研究实践，为学生进一步开展相关研究打下坚实基础和拓展创新思路。
预修课程
无
大纲内容
第一章 Overview 3.0学时 张驰
第1节 overview
第二章 Maximum parsimony 3.0学时 张驰
第1节 parsimony length
第2节 tree search
第三章 Maximum likelihood 6.0学时 张驰
第1节 substitution models
第2节 continuous traits
第3节 pruning algorithm
第4节 bootstrap
第四章 Bayesian inference 15.0学时 张驰
第1节 general theory
第2节 priors
第3节 Markov chain Monte Carlo
第4节 node dating
第5节 tip dating
第五章 Summary 3.0学时 张驰
第1节 summary
参考书
1、
Molecular Evolution: A Statistical Approach
Ziheng Yang
2014
Oxford University Press
课程教师信息
古脊椎所研究员，从事计算古生物学研究