实用生物信息学（1）：高通量测序数据分析技术

课程编码：180200100100P1005H 英文名称：Practical Bioinformatics (1): Data Analysis for High Throughput Sequencing 课时：40 学分：2.00 课程属性：学科核心课 主讲教师：赵方庆等

本课程以新一代测序技术的应用与数据分析、基因组、转录组为主题，设计具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机实操课程，旨在使学生掌握高通量测序数据分析的关键技术，了解基因组学和生物信息学领域的研究进展和技术手段，为生物医学及相关专业学生进一步学习与此相关课程打下基础。

普通生物学或相关课程

第一章 高通量测序技术基础 9学时 赵方庆
第1节 高通量测序技术与生物医学前沿
第2节 高通量测序技术原理及应用
第3节 Linux编程基础及上机实践
第二章 基因组分析技术及实践 11学时 赵方庆
第1节 测序数据的预处理及重测序数据中遗传变异的识别
第2节 基因组结构变异的识别与注释
第3节 基因组拼接及基因识别
第三章 系统发育分析技术及实践 12学时 苗苗
第1节 直系同源基因识别
第2节 建树技术原理及实践
第3节 分子进化分析及实践
第四章 转录组分析技术及实践 6学时 苗苗
第1节 转录组分析技术及实践
第2节 lncRNA转录组分析技术及实践
第五章 文献精读及数据分析实践 2学时 苗苗
第1节 文献精读与讨论

赵方庆，国家杰青、中科院特聘研究员。现任中科院北京生科院科研部副主任、中国生物信息学会基因组信息学专委会主任、Briefings in Bioinformatics、Science Bulletin、Science China Life Sciences等期刊副主编或编委。主要致力于建立高效的算法模型和实验技术，探索人体微生物与非编码RNA的结构组成与变化规律，以期解析它们与健康和疾病的关系。近年来，在Cell、Gut、Nature Biotechnology、Nature Computational Science、Nature Communications等刊物上发表通讯作者论文70余篇，其中十余篇入选ESI高被引论文。先后5次荣获“中国科学院优秀导师奖”(2017～2022)以及“中国科学院大学领雁奖章”(2020, 2022)、“中国科学院朱李月华优秀教师奖”(2020)、“中国科学院大学必和必拓导师奖”(2021)。