生物大分子理论计算
课程编码：180085071011M3001H
英文名称：Theoretical/Computational Methods in Biomolecules
课时：40
学分：2.00
课程属性：专业课
主讲教师：张竹青
教学目的要求
理论及计算机模拟在生物大分子研究中的应用越来越广泛，已经成为结合实验技术理解生命过程机制的重要手段之一。本课程主要介绍生物大分子理论计算中常用方法的基本原理，以及在蛋白质结构预测、设计及折叠与聚集，RNA结构预测，基于结构的药物设计中的应用。本课程在讲授课程基本内容的同时，将结合实例讨论，培养学生的独立思考能力，希望学生不仅掌握常用方法的基础理论知识，同时对实际应用有一定了解和认识，为将来从事相关的研究工作打下基础。
预修课程
生物化学，大学物理
大纲内容
第一章 生物大分子结构简述 3学时 张竹青
第1节 蛋白质、核酸及糖类等生物大分子结构
第2节 生物大分子基本相互作用
第3节 生物分子常用数据库
第二章 常用模拟算法简介 12学时 张竹青
第1节 分子力场
第2节 分子动力学模拟
第3节 蒙特卡罗模拟方法
第4节 其他采样及分子构象分析方法
第5节 深度学习方法
第三章 蛋白质结构预测及设计 9学时 张竹青
第1节 蛋白质结构预测
第2节 蛋白质结构设计
第3节 蛋白质折叠和聚集
第四章 RNA结构预测 3学时 张竹青
第1节 RNA二级结构预测方法
第2节 RNA三级结构预测方法
第五章 计算机辅助药物设计 9学时 张竹青
第1节 药物设计概述
第2节 基于结构的药物设计常用方法
第3节 基于结构的药物设计的实例解析
第六章 2学时 张竹青
第1节 课程答疑
第七章 2学时 张竹青
第1节 考试
参考书
1、
Molecular Modelling: Principles and Applications
Andrew R. Leach
2001
Pearson
课程教师信息
张竹青（教授，中国科学院大学）