生物系统学原理与方法

课程编码：280227071002M2001 英文名称：Principles of Biological Systematics 课时：60 学分：3.00 课程属性：专业核心课 主讲教师：江建平等

生物系统学是关于生物物种多样性的分类和系统演化历史研究的学科。本课程主要介绍生物系统学的基本原理和研究方法，具体内容包括：生物系统学简介、生物多样性的形成、物种概念、分类级元、生物命名法规、分类原理和研究程序、系统发育重建理论与方法、生物地理学基本原理、分类文献学、分类论文写作、分类数据管理等等。本课程是生物分类学、古生物学、生态学、生物地理学等专业研究生的专业基础课，亦可作为进化生物学专业研究生的选修课。通过本课程的学习，学生们能掌握生物系统学的基本原理和研究方法，为开展物种多样性的分类研究、探讨物种及物类的起源及演化、生物地理学以及其他进化生物学领域的相关研究打下基础。

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第一章 生物分类原理 15学时 江建平
第1节 1 生物系统学的定义
第2节 2 研究内容、重要性
第3节 3 若干基本概念
第4节 4 发展历史和主要学派
第5节 5 物种及种上阶元
第6节 6 等级系统
第7节 7 单系、并系及多系
第8节 8 分类性状的种类
第9节 9 分类性状的研究方法
第10节 10 研究标本的获取与保藏、文献资料搜集
第11节 11 分类鉴定、分类识别
第12节 12 分类描记、检索表编制
第13节 13 论文写作与发表
第二章 系统发育分析 15学时 王斌
第1节 1 生物演化、系统发育关系、中性理论和分子钟
第2节 2 特征/性状、同源性
第3节 3 系统发育树、基因树
第4节 4 进化、数值及支序系统学
第5节 5 祖征、衍征、性状编码
第6节 6 外群、类群、性状的极性与演变系列
第7节 7 分子序列比对、进化模型
第8节 8 距离法、简约法
第9节 9 最大似然法、贝叶斯法
第10节 10 树图的比较、最优树的选择
第11节 11 系统发育关系重建软件演表示
第12节 12 协同演化等进化生物学问题
第13节 13 高级分类系统的建立与修订
第三章 物种形成、命名法规 15学时 郭宪光
第1节 1 生物物种概念、物种形成的理论和模式
第2节 2 物种数量、全球热点与生物多样性监测研究
第3节 3 物种鉴定、物种分化与进化树
第4节 4 生物命名的基本原理
第5节 5 三部国际生物命名法规
第6节 6 生物命名的规则
第7节 7 模式与载名模式: 模式固定原则
第8节 8 可用名称与有效名称
第9节 9 异名与同名
第10节 10 国际动物命名法委员会的作用
第11节 11 命名学的道德规约
第四章 生物地理 15学时 胡军华
第1节 1 生物地理学绪论
第2节 2 生物地理学史
第3节 3 生物多样性格局
第4节 4 分布的格局
第5节 5 群落和生态系统
第6节 6 新颖性的来源
第7节 7 岛屿上的生死存亡与进化
第8节 8 过去的生物
第9节 9 今天生物的地理学
第10节 10 冰和变化
第11节 11 改造这个行星
第12节 12 在水中划线
第13节 13 阐释过去：分子和同位素生物
第14节 14 阐释过去：原理和实践
第15节 15 预示未来

江建平：男，中国科学院成都生物研究所研究员，两栖爬行动物研究室主任，博士生导师。国务院政府津贴获得者、中国科学院特聘研究员、四川省学术与技术带头人，中国动物学会常务理事、原中国动物学会两栖爬行动物学分会主任委员、中国野生动物保护协会科技委员会副主任、四川省细胞生物学会副理事长、原成都科普基地联合会会长、IUCN-SSC两栖动物中国区主席。Asian Herpetological Research主编。主要从事两栖爬行动物多样性与保护研究，承担国家重点研发计划重点专项、中国科学院战略性先导科技专项、国家自然科学基金等国家及院地项目任务30余项，发表科技期刊论文200余篇，出版主编专著3部4册、参编专著11部，获得授权国家发明专利4项，获得国家自然科学二等奖1项（2014）、四川省科技进步二等奖1项（2010）、湖南省自然科学三等奖1项（2017）。
王斌: 男，博士，副研究员。中国科学院成都生物研究所两栖爬行动物标本馆副馆长。主要研究方向为两栖爬行动物系统演化。主持国家自然科学基金项目、科技部重大专项任务子课题、中科院西部青年学者A类项目、中科院重点部署项目课题等重要项目20项。在Science of the total environments、BMC genomics、Genes、ZooKeys、Zootaxa等杂志发表论文80余篇。
郭宪光： 男，博士，中国科学院成都生物研究所副研究员，硕士生导师。中国动物学会两栖爬行动物学分会理事，四川省动物学会理事，世界自然保护联盟物种存续委员会中国专家组（IUCN SSC ChSSG)成员。主要从事两栖爬行动物分类、系统发育与生物地理学研究，长期活跃在中国西部荒漠和中亚干旱区，致力于干旱区生物多样性的可持续保护。先后主持国家自然科学基金、中科院重要方向性项目、中科院A类丝路环境先导专项子子课题、中科院国际合作专项、国家科技国际合作专项子课题、科技部重大专项任务子课题等20余项。已在Systematic Biology, Molecular Phylogenetics and Evolution, Zoological Research, Current Zoology等主流期刊发表论文80余篇。
胡军华，中国科学院成都生物研究所研究员，博士生导师。国家“万人计划”青年拔尖人才、青藏高原青年科技奖、全国优秀青年动物生态学工作者获得者；入选中科院“西部之光-西部交叉团队重点实验室专项”、中国科学院青年创新促进会、四川省杰出青年人才计划等；任中国动物学会两栖爬行动物学分会常务理事、中国青藏高原研究会理事、中国动物学会生物地理学分会理事、中国生态学会动物生态专业委员会委员、中国野生动物保护协会科学技术委员会委员。近年来紧密围绕环境变化对野生动物影响的前沿、基础科学问题及物种保护需求，从不同维度探讨环境变化对野生动物的影响及其响应，并在濒危物种生态建模方法论与保护地等领域开展研究。已在国内外重要期刊发表学术论文70多篇，参编专著8部。以第一或通讯作者（含共同）在Methods in Ecology and Evolution、PNAS、Global Change Biology、Journal of Animal Ecology、Renewable & Sustainable Energy Reviews、Biological Conservation、Diversity and Distributions、Science of the Total Environment、Oecologia、Zoological Research （封面文章）等综合/学科重要期刊发表系列成果。先后主持国家基金面上项目（5项）等二十多项科研项目。
张美华：女，博士，中国科学院成都生物研究所，助理研究员，主要集中于两栖动物分类学和骨骼学研究。累计发表SCI论文14篇，其中第一或通讯（含共同）8篇。