系统与进化生物学方法实践

课程编码：071001M05002H 英文名称：Practice of Systematic and Evolutionary Biology 课时：30 学分：2.00 课程属性：专业普及课 主讲教师：曾庆银等

本课程主要介绍系统与进化生物学的研究方法，并熟悉各种方法的操作技能。通过本课程的学习，应准确理解系统与进化生物学的各种基础研究方法，熟悉多种生物信息学数据库，熟练掌握谱系生物地理学分析和系统进化树构建的基本方法，掌握基因组学数据基础分析方法，并能综合利用这些方法进行进化生物学研究。本课程教学特点是学生全程进行计算机实践操作，教师手把手指导并辅以简单的课堂教学。本课程共分七部分，10讲，每讲3课时，具体包括首席教授曾庆银（5讲），主讲教师张富民（3讲）和杨福生（2讲）。

系统与进化生物学

第一章 多种生物信息学数据库的联合运用及操作实践
第1节 NCBI数据库的操作实践 1.0学时
第2节 PFAM数据库的操作实践 1.0学时
第3节 利用ExPASy分析蛋白质的基本性质 1.0学时
第4节 比较基因组学数据库PLAZA与Phytozome的操作实践 1.0学时
第5节 基因表达数据库的操作实践 1.0学时
第6节 多种数据库联合运用的实践操作 1.0学时
第二章 系统进化树的构建及方法比较
第1节 建树数据的类型及常用系统树构建的方法及其软件 1.0学时
第2节 邻接树、简约树、似然树、贝叶斯树构建的实践操作 1.0学时
第3节 各种建树方法的比较 1.0学时
第三章 群体遗传学基本参数的计算
第1节 群体遗传学常用参数的意义 1.0学时
第2节 等位基因多样性（Hd）及核苷酸多态性（θ和π）计算 1.0学时
第3节 中性检测 (Tajima’s D，Fu and Li’s D* and F*) 1.0学时
第四章 谱系生物地理学分析方法与实践
第1节 核酸序列变异及多样性 1.0学时
第2节 单倍型谱系分析 1.0学时
第3节 群体遗传结构分析 1.0学时
第五章 基因组学数据分析方法与实践
第1节 二代测序数据的格式、特点和预处理 1.0学时
第2节 基因组二代测序数据的分析流程 1.0学时
第3节 比对参考基因组 1.0学时
第4节 检测变异位点 1.0学时
第5节 校正检测结果 1.0学时
第6节 转录组二代测序数据的分析流程 1.0学时
第7节 比对参考基因组 1.0学时
第8节 检测基因表达水平 1.0学时
第9节 基因差异表达分析 1.0学时
第六章 蛋白质三维结构模拟
第1节 PDB数据库介绍及操作实践 1.0学时
第2节 基于SWISS-MODEL Repository的蛋白质三维结构模拟 1.0学时
第3节 基于InsightII生物分子模拟软件平台的蛋白质三维结构模拟 1.0学时
第七章 方法的综合运用
第1节 综合利用多种方法进行进化生物学研究实例操作 3.0学时

授课人：曾庆银研究员（中国科学院植物研究所），张富民、杨福生、王伟副研究员（中国科学院植物研究所）
助教：刘妍婧助理研究员（中国科学院植物研究所）