Perl编程与生物信息学应用

课程编码：071001M06001H 英文名称：Perl programing and applied bioinformatics 课时：30 学分：2.00 课程属性：专业研讨课 主讲教师：焦远年等

这个课程的目的是让生物信息学方向初学者了解Perl语言编程及其在生物信息学领域的应用。生物信息学是一个集成了生物学、数学和计算机科学的新兴学科，而Perl语言是一种在生物信息学研究领域功能强大的脚本语言之一，且是开放源码的免费软件。Perl 最初的设计者为拉里?沃尔(Larry Wall)，它于1987年12月18日发表。Perl借取了C、sed、awk、shell scripting以及很多其他程序语言的特性。Perl以其无与伦比的文本分析处理能力，被广泛用于从生物医学文献、基因与蛋白质序列、分子空间结构，到生物芯片及生物网络数据的分析与挖掘中，是进行生物信息学研究与开发的利器。
本课程旨在引领来自各专业没有任何编程经验的同学进入Perl编程及应用的大门。希望同学们在学习中体验Perl的简单、易用、灵活与强大，感受Perl编程的文化、思想与魅力，学会如何利用Perl帮助自己开展课题研究。课程将以课堂教学结合上机实践为主要授课方式，及时巩固课堂内容，解答编程疑问。

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第一章 Perl课程简介
第1节 Perl课程介绍，Linux系统及Shell命令介绍 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第二章 Perl软件安装及语法入门
第1节 Perl语言的安装和调试及Perl语法基本介绍 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第三章 Perl变量和操作符
第1节 Perl变量和操作符 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第四章 Perl输入与输出
第1节 Perl输入与输出及BLAST方法介绍 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第五章 Perl控制程序流
第1节 Perl控制程序流 2.0学时
第2节 课程回顾及期中小测试 2.0学时
第六章 Perl列表与数组
第1节 Perl列表与数组 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第七章 Perl哈希数组
第1节 Perl哈希数组 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第八章 Perl模式匹配
第1节 Perl模式匹配 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第九章 Perl文件子程序
第1节 Perl文件子程序 2.0学时
第2节 上机练习 2.0学时
第十章 期末考试
第1节 期末测试 2.0学时

授课人：国家人才计划
焦远年 研究员（中国科学院植物研究所）
助教：易欣